سازمان غذا و داروي آمريکا به مصرف‌کنندگان فلوکونازول هشدار داده است که استفاده مزمن و با دوز بالاي اين دارو (400 تا 800 ميلي‌گرم در روز) طي 3 ماهه اول بارداري ممکن است خطر بروز برخي از نقايص مادرزادي را افزايش دهد. اين عوارض به‌دنبال مصرف تک‌دوز و دوز پايين فلوکونازول که در درمان عفونت قارچي واژن (کانديديازيس) متداول است، ايجاد نمي‌شوند.